Hovedbygningen
Hovedbygningen blev officielt indviet i 1827 med deltagelse af Frederik VI. Bygningen erstattede det anlæg (eller bygninger) man kaldte for Thurahs, og som var brændt ned i 1813.
Forhistorie
Da Frederik II i 1586 oprettede sin "besynderlig og bedre kongelig skole" i Sorø, skete det i de bygninger, som havde rummet Sorø Kloster. Der blev ikke foretaget nogen ændringer af bygningerne. Billedet til venstre forestiller Sorø Kloster, som det så ud omkring 1570. Billedet fandtes på en bræddevæg i kirken. Det er siden gået tabt, men nåede altså inden at blive gengivet af arkivtegneren Søren Abildgaard i 1770'erne. Christian IV oprettede et akademi (en slags overbygning) til skolen i 1623, og i 1643 blev det så til et egentlig universitet. Dette fortsatte frem til 1665, hvor akademiet ophørte. I disse år blev der bygget forskellige nye bygninger på området, men stadig ingen større ombygning af selve klosteranlægget. Der gik en del år, hvor skolen formåede at køre videre med et meget begrænset elevantal. I 1682 blev elevantallet fastsat til 30, men i snit lå antallet mellem 1686-95 på 19 elever. Der kom lidt flere elever til, men i 1728 var antallet nede på 20. Økonomien forværredes yderligere og i 1737 blev de sidste daværende elever sendt bort, og skolen stod tom.
Thurahs Akademibygning
Dette var en midlertidig tilstand, for der var tanker i gang om en reorganisering, som også betød en ombygning af klosteranlægget. Opgaven med ombygningen var i 1736 blevet givet til arkitekt, hofbygmester Laurids de Thurah, som dog hurtigt gav opgaven videre til sin ven og medarbejder Holger Rosenkrantz. Ombygningen tog tid og det samme gjorde beslutningen om, hvordan undervisningen skulle organiseres. Forfatteren Ludvig Holberg havde store idéer omkring undervisningen og formen, bl.a. om undervisning på dansk fremfor latin og med indførsel af spørgetimer. Holberg ydede store pengebeløb til genoprettelsen af akademiet og d. 26. juli 1747 kunne Frederik V indvie akademiet. Undervisningen foregik nu i den ombyggede skole med forelæsninger på dansk (modsat Universitetet, som stadig anvendte latin). Samtidig begyndte flere undervisningsbøger at blive trykt på dansk. En nytænkning, som var en af Holbergs idéer, var spørgetimer, hvor de studerende kunne stille (kritiske) spørgsmil til professoren/læreren. Akademiet blomstrede i nogle år, men konkurrence fra universitetet i København, som tilbød en særlig juridisk-statsvidenskabelig uddannelse. Skolen oplevede derfor en svigtende tilgang og den sidste akademist forlod stedet i 1798.
Branden i 1813
Natten mellem d. 10. og 11. juni 1813 udbrød der brand i akademiets hovedbygning i østfløjen. Kirken og de tre pavillioner var de eneste, der blev reddet.
I.C. Dahls billede fra omkring 1818 viser et kig ind gennem søndre klosteromgang, som lå på indersiden af sydfløjen. Man skal forestille sig, at tegneren har stået i det sydøstlige hjørne og kigget gennem buegangen over mod vest, altså at Thurahs "hovedbygning" var til venstre i billedet.
Billedet giver et indtryk af hvor meget af klosteranlægget der var bevaret og indgået i Thurahs barokanlæg. Professor Johan Christian Molbech, som jo selv boede i en af pavillonerne (Molbechs Hus) ved siden af hovedbygningen, skrev til sin søn efter branden: "Du vil finde Kirken og mit Hus uskadte, .. ja, selv Ruinernes Betragtning vil bestyrke din Overbevisning om Middelalderens faste, stærke og unedbrydelige Bygningsmaade; thi alle de gamle Mure, Munkegangen, og det brandfri Værelse under den forrige Instrumentsal har trodset de græsselige Ildsluer, der som et Ildhav svævede i Luften, og især over Mit Hus, hvorpaa Vinden stod; derimod er all Tilbygninger og Skillerum, som i de senere Aar er tilbygde, da Akademiet 1747 blev stiftet, rent af Ilden fortæret."
Den nye hovedbygning
Planerne gik hurtigt i gang med at få samlet midler til at kunne genopføre bygninger og få genetableret en skole med en akademisk overbygning. Skoledriften gik i gang i 1822 med Frederik VI's fundats. Undervisningen var henlagt til lokaler ude i byen, men da hovdbygningen stod færdig i 1826, flyttede eleverne ind på øverste etage. Håndværkerne blev først færdig med førstesalen (Beletage) året efter, og her kom kongen så til indvielsesfesten. Frederik VI's akademi, som også benævnes Guldalderens akademi, eksisterede frem til 1849.
Hovedbygningen blev opført i årene 1823-1827, og blev tegnet af Københavns stadsbygmester Peder Malling. Han lavede i alt tre forskellige udkast: to udkast bibeholdt en trefløjet bygning om en lukket gård, meget svarende til klosteranlægget. Det tredje udkast, og det man valgte, var en selvstændig bygning, med mure der forbandt kirken med hovedbygningen mod øst og vest. Murene blev sløjfet og gården var nu helt åben. Selve stilen er klassicistisk.
Etageplaner
Mallings plan for bygningen var altså meget stram: kælderen var for økonomien, køkken mv.; stueplan var for skolen; føstesalen eller beletagen var den fine med de store lokaler. Her huserede akademiet, og endelig på øverste etage var kostskolens afdeling med sovesale. Trapperne i bygningen vidner også om hvem der var tænkt at skulle bruge dem. Den store brede og flot udsmykkede trappe i vestfløjen var beregnet for lærere og professorer. Trappen i østfløjen, noget smallere og mere stejl end trappen i vest, var beregnet for drengene, altså eleverne. Men der findes en trappe mere, som løber mellem hovedtrappen og ydermuren hele vejen fra kælderen og til mezzanin. Denne trappe er så at sige skjult i væggen, fordi man helst ikke skulle se, dem der brugte den. Det er den såkaldte domestikkertrappe. En trappe halvt så bred som elevernes trappe, med trappetrin, der efterhånden var slidt helt hule. Det var her tjenerne slæbte brænde op til drengenes og lærernes kakkelovne. Bar natpotter ud osv. Tungt og beskidt arbejde. En del af trappen, som var i brug frem til 1938, da der blev indlagt centralvarme, kan stadig ses i stueetagen.
Lokaler
Bygningens officielle indgang er fra søsiden, hvor man kommer ind gennem Vestibulen, også kaldet Arkadesalen. Indgangen bruges stadig når der er baller på skolen. I dagligdagen bruges adgangen fra Fratergården. Vestibulen er udsmykket med figurer over græske forfattere og videnskabsfolk. Herudover er to stentavler med latinske (og danske) indskrifter, der opremser vigtige begivender i skolens historie. Fra Vestibulen kommer man ud på Stengangen, som viser bygningens idé: Bygningen er formet som et I - lokalerne ligger udad mod syd, øst og vest. Indad (mod nord) til Fratergården ligger en korridor - en på hver etage. Adgangen til etagerne foregår via trapperne, der ligger i bygningens fremspring mod nordøst og nordvest.
På Beletage ligger skolens store festsal og tre repræsentationslokaler: grønne, gule og røde sal. Røde sal fungerer som lærerværelse.
Udsmykninger
Hovedbygningen er dekoreret i den såkaldte pompeiansk stilart af Georg Hilker. Arbejdet løb over årene 1860-1871. Den pomeianske rumudsmykning var meget efterspurgt på det tidspunkt. Pompei og Herculanum var blevet genopdaget i midten af 1700-tallet, og i 1830'erne var flere af dekorationerne i husene i de to byer blevet restaureret. Mange kunstnere (bl.a. danske) havde være på besøg i Italien og ladet sig inspirere, herunder også Hilker. Ud over de illusionistisk malede kasettelofter og den pompeianske farveskala (sort, okker, pompeianskrød og koboltblå), så udmærker disse dekorationer fra Hilkers hånd sig ved, at de gengiver den danske flora og fauna. Normalt ville man have valgt antikke skikkelser og figurer, men i hovedbygningen er altså valgt danske planter, dyr og fugle. Planterne er gengivet meget naturalistisk, hvorimod dyrene og fuglene er malet meget stive og uden liv. Man antager, at Hilker for planternes vedkommende har kunnet studere en flora eller rigtige planter, hvorimod dyr og fugle blev malet efter dårligt udstoppede eksemplarer fra enten skolens samling eller fra Zoologisk Museums naturhistoriske samling.
Ud over Sorø Akademis hovedbygning har Hilker også dekoreret lofter på Thorvaldsens Museum i København; sammen med Constantin Hansen udsmykket forhallen på Københavns Universitet og malet i Villereden.
Her kan ses et udvalg af udsmykningerne i hovedbygningen: